En los últimos dos años, las arqueólogas María de la Luz Moreno Cabrera, Sandra Muñoz Vázquez y María Abigail Becerra intervinieron en secciones de la barda atrial, la segunda capilla del templo y la fachada original de la Capilla para determinar el nivel original de estos espacios.

En su camino encontraron evidencias de las profundas modificaciones que experimentó el Templo de San Agustín.

Recordaron que el primer convento agustino en la Nueva España se levantó sobre un terreno donado por el emperador Carlos V, en un lugar llamado Zoquipan, que significa “Lugar de tierra fangosa”, en lo que fue el barrio prehispánico de Moyotlan, el “Lugar de los mosquitos”. Con esta referencia queda claro que no se trataba del suelo más idóneo para erigir una obra de estas proporciones, que llegó a ocupar una manzana completa

Sobre las excavaciones en torno a la Capilla del Tercer Orden, las expertas detallaron que su fachada fue drásticamente modificada en el siglo XIX, su estilo mudéjar fue sustituido por el neoclásico. Se encontraron las cimentaciones de las fachadas de los siglos XVIII y XIX.