Las acequias fueron elementos urbanísticos de la antigua Tenochtitlan que sobrevivieron a la traza de la ciudad novohispana, un ejemplo claro fue la acequia de La Merced, que sobrevivió hasta 1788, y cuya historia ha vuelto a “fluir” gracias a salvamentos arqueológicos recientes efectuados por especialistas del Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH).
La arqueóloga Alejandra González López, de la Dirección de Salvamento de Arqueológico (DSA) del INAH, resaltó que uno de los objetivos principales de este proyecto era detectar evidencias de la acequia de La Merced, pues debido a la cercanía de la mencionada Casa de la Acequia, era muy posible que se encontraran restos del primer tramo del canal. La acequia pasa por los actuales barrios de La Merced y San Miguel, anteriormente las parcialidades de indios de San Pablo Teopan y San Juan Moyotlan.
Entre los materiales recuperados dentro de la acequia están los cerámicos: lebrillos, mayólica y porcelana; gran cantidad de semillas, figurillas de barro de uso lúdico que representan soldados y animales, crucifijos y un dije que alude a la Virgen de El Carmen, una hoja de oro (material que servía para dorar obras de arte), restos de masa de maíz, monedas y varios objetos de madera como una flauta. Todos ellos, materiales que hablan de la vida cotidiana en la novohispana Ciudad de México.
Asimismo, las acequias distribuían agua tanto para los campos de cultivo como para el mantenimiento de distintos sectores de producción; eran vía de transporte de personas y mercancías, y desagüe de las aguas residuales de la ciudad. Sin embargo, en sus últimos años, ante la disminución del nivel de sus aguas, se habían convertido en almacenes de basura y focos de infección. En el siglo XIX algunas serían sustituidas por drenaje subterráneo.