El suelo de la localidad de San Pedro Zacachimalpa es ácido y tiene poca materia orgánica, lo cual ocasiona que la actividad agrícola disminuya. Además, la falta de cobertura vegetal propicia la erosión y pérdida de la superficie terrestre. Para revertir estas condiciones, en apoyo de los agricultores de esta junta auxiliar, la doctora Laura Alicia Paniagua Solar, integrante del Cuerpo Académico “Sistemas para el aprovechamiento de las energías renovables” de la BUAP, propone mejorar la calidad del suelo, con la técnica de cultivo Zaï y la aplicación de biofertilizantes, en este caso bokashi, un abono orgánico sólido.