El 8 de febrero de 2016 fue designado por el presidente Enrique Peña Nieto como titular de la Secretaría de Salud en sustitución de Mercedes Juan López, es decir José Narro Robles lleva en el cargo 11 meses en el Gabinete Federal, pero no es nuevo en esto, ya antes había ocupado diferentes cargos que fueron construyendo su camino a la administración federal, fue Director de la Facultad de Medicina de la UNAM, ha sido Director General de Salud Pública para el Distrito Federal en la Secretaría de Salud, Director General de Servicios Médicos en el Departamento del Distrito Federal, Secretario General del Instituto Mexicano del Seguro Social, y en la Secretaría de Gobernación se desempeñó al frente de las subsecretarías de Población y Servicios Migratorios y, también, de Gobierno, en tanto que en la Secretaría de Salud lo hizo en las de Servicios de Salud y de Coordinación Sectorial.